La struttura della Gastroenterologia ed Endoscopia Digestiva dell'Ospedale San Giuseppe di Empoli si occupa, in regime di ricovero o ambulatoriale, della diagnosi e della cura delle principali patologie epato-gastroenterologiche.
E’ presidio di Rete regionale per la diagnosi e cura della Malattia celiaca e di diagnosi e/o controllo di alcune patologie rare epato-gastroenterologiche, nonché della Rete regionale del trapianto di fegato per il percorso di accesso al trapianto e follow-up dei pazienti trapiantati.